Emiya Shiro est un garçon qui vit seul chez lui après la mort de son père adoptif, ses véritable parents étant morts dans une giganstesque explosion plusieurs années auparavant. Il a avec lui, une amie fidèle et une prof complètement déjentée qui le surveille de près et reste auprès de lui. Un jour après la classe, il resta a l'école pour aider (plutôt faire le sale boulot )un de ses amis a nettoyer la salle de sport.
C'est a ce moment la que sa vie changea complètement. En sortant de la salle de gym, il assista a un combat entre deux personnages combattant incroyablement bien. Malheureusement pour lui, l'un deux le remarqua et se mit a sa poursuite. Il ne sorta pas indem de cette poursuite, mais réussi miraculeusement (je vais pas tous vous dire non plus, c'est pas le but^^) a rentrer chez lui. Evidemment, son agresseur n'allait pas le laisser s'en sortir comme ça et le pourchassa de nouveau... C'est alors qu'il vit apparaitre une marque sur sa main ainsi qu'une merveilleuse jeune fille vêtue d'une armure.